Để bảo quản mật ong thì nên dùng chai thủy tinh hoặc gốm sứ, đặc biệt không dùng những chai lọ bằng kim loại hay gỗ vì mật ong có tính axit rất cao nên sẽ ăn mòn kim loại và tạo ra những độc tố cho mật ong.

Còn khi vận chuyển mật ong thì nên đựng trong chai nhựa nhằm tránh va chạm và vỡ. Nên đựng trong những chai nhựa nhỏ vì trong trường hợp bị vỡ thì cũng không thiệt hại quá nhiều như đựng trong các can lớn.

Mật ong nên được sử dụng trong vòng 2 năm, không nên để quá lâu, bảo quản trong chai thủy tinh nơi thoáng mát, tránh nơi nóng quá sẽ làm hỏng mật ong.

Không cất giữ mật ong trong tủ lạnh vì mật ong sẽ bị giảm hương vị và giảm chất khi nhiệt độ quá lạnh hay quá nóng. Nên để trong phòng bình thường nơi thoáng mát.